Antes de escanear las raíces es posible aplicar algún colorante para aumentar el contraste de la imagen. Esto puede mejorar la precisión de la determinación del diámetro radical. Al mismo tiempo, es un paso adicional, que requiere más tiempo y manipulación de las muestras. Teñir las raíces puede causar problemas cuando las plantas son pequeñas y es necesario escanear el sistema radical entero, pues el teñir podría prevenir el análisis químico del tejido radical. Es recomendable hacer un ensayo preliminar escaneando unas muestras antes y después teñirlas para determinar si este paso es necesario o no.
Las raíces se suspenden en una bandeja acrílica transparente en el escáner. Así se las puede acomodar para que estas se entrecrucen. Pinzas y pipetas finas de plástico son herramientas necesarias por este trabajo, pues no rayan la bandeja.
Raíces pueden acomodarse para reducir traslapos y cruzes.
