Para analizar un imagen, el usuario selecciona la región (o regiones) de interés, y WinRhizo la analiza. Para lograr eso, el programa usa el punto de cortage para determinar por cada pixel si es raiz o no (como estos imagenes son de blanco y gris, sombras en el imagen pueden causar problemas). Regiones del imagen podian ser exluidas del analisis si es necesario, y herramientas basicas para edición de imagenes son incluidas.
En este imagen de pantalla, las lineas coloradas muestran las riaces classificadas por diametro. La histograma muestra la longitúd por classe de diametro
WinRhizo pide al usuario que abre o crea un archivo para grabar los resultados. Es un archivo de texto, que se puede abrir en Excel u otro programa.
Abajo es un archivo de Excel del analysis del imagen arriba. Algunas columnas eran borradas, y algunas cellulas puesto encima de otros para poder mostrar todos en la pantalla.
