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Análisis de imágenes de las micrografías

ANALISIS DE IMAGENES

Usted pudiera desear llevar adelante medidas cuantitativas de sus imágenes, incluyendo el cálculo de áreas y distancias. Se encuentran disponible programas que están diseñados específicamente para la tarea del análisis de micrografías, sin embargo, estos programas suelen ser de costo prohibitivo. Tareas similares se pueden hacer con programas más genéricos, Adobe Photoshop, o el programa de dominio público 'Image J' (disponible en http://rsb.info.nih.gov/ij/). Por la mayor parte, el calcular el áreas (o el porcentaje del áreas que ocupa una estructura del área total) se hace contando el número de pixels. Para esto, uno selecciona el área deseada y el programa retorna el número de pixels. La manera más fácil de mantener el registro de estos resultados es utilizar una hoja de cálculo tipo Excel mientras se está trabajando. La hoja de cálculo debe tener las etiquetas correspondientes a las categorías y tratamientos deseados antes de empezar. Note que algunas de las mediciones se pueden obtener indirectamente restando o sumando otras mediciones.

PHOTOSHOP

CALCULANDO AREAS

1) Abra las imágenes con las que desea trabajar en Photoshop.

2) Abra una hoja de cálculo en Excel, preferible con las etiquetas de sus tratamientos, y las categorías de pixels.

3) Asegúrese que el menú de 'histogram' se encuentra abierto (esquina superior derecha de la ventana de photoshop).

4) Asegúrese que la herramienta "Varita mágica" (“Magic Wand”) se encuentra seleccionada en el menú de herramientas (parte izquierda), resalte los campos deseados. Presione la tecla mayúsculas (shift), y el ratón simultáneamente para seleccionar áreas múltiples que no se tocan en la imagen.

Si tiene problemas usted podría tratar:

a) Use 'Select'?'Color Range'. Puede seleccionar áreas de color con esta herramienta de varias maneras. Primero, usted puede seleccionar los valores extremos de un rango de color (highlights, lowlights). Se puede seleccionar un color deseado con la herramienta de gotero (eyedropper), en este caso el color escogido aparecerá en la paleta de herramientas, cerca de la base, como un cuadrado con el color seleccionado. Utilice la barra deslizante “Fuzziness” para ajustar el rango de sombras (por ejemplo, aumentando el rango de azul si se deseara).

b) Convierta la imagen en blanco y negro con: Image?Mode?Greyscale, y luego utilize Select?Color Range, tal como se describe arriba.

c) Como un último recurso, usted puede utilizar la herramienta de "lazo" (lasso) para seleccionar manualmente el borde de un área de interés utilizando el ratón.

5) Si Usted ha seleccionado exitosamente su área de interés, y desea invertir la selección lo puede hacer fácilmente utilizando Select?Inverse. Para saber el número total de pixels en su imagen utilice Select?All.

6) Registre el número de pixels de su histograma en su hoja de Excel.

Nota: Usted puede deshacer cualquier error, en el orden inverso en el que fue cometidos, presionando con el botón izquierdo en 'Delete' en el menú de 'Historia'.

CALCULANDO DISTANCIAS

Para calcular distancias usted debe tenr la imagen de un micrómetro, (un portaobjetos con una escala o cuadrícula). Esta imagen debe estar en el mimos aumento que se usará para tomar medidas. Mida una distancia conocida en el micrómetro utilizando la herramienta de "medidas" (measure) y transfiera la información a una hoja electrónica. Va a necesitar hacer cálculos muy simples para descubrir la distancia en su imagen, basándose en su micrótomo, y para cambiar unidades.

IMAGE J

Cálculos similares se pueden llevar adelante utilizando Image J. Por ejemplo, Image J tiene varias herramientas de selección, un gotero para la selección de color y herramientas de medidas de líneas y ángulos para otros tipos de mediciones. El menú de análisis (‘Analyze’) le permite ver las medidas de sus áreas o líneas seleccionadas. Esta información la puede pasar a una hoja electrónica, de la misma manera en que se describe arriba para el Photoshop.