El primer paso es colectar y lavar raíces. Este puede ser el paso más difícil del experimento si las plantas provienen de un medio solido, y debe de ser considerado en el diseño del experimento. Suelo o medio con un contenido alto de arena puede facilitar este proceso, mientras que un alto contenido de arcilla o materia orgánica lo puede dificultar bastante. Cosechar plantas más jóvenes puede facilitar este paso también. Frecuentemente el escaneo del sistema radical entero no es posible o práctico, así que preferimos seleccionar una muestra representativa para mediciones de longitud. Luego, pesamos la muestra y el resto del sistema radical, y utilizamos la relación de longitud a biomasa de la muestra para estimar la longitud total del sistema radical en base de su biomasa. Cuando la arquitectura radical es el enfoque del estudio, se puede tomar muestras de cada clase de raíz, o de cada horizonte del suelo - el diseño del muestreo depende en el enfoque de la investigación.
Raíces lavadas de Fréjol colocadas un una bandeja para el escaneo. Estas plantas fueron cultivadas en una mezcla de arena/vermiculita para facilitar el lavado de las raíces.
