WinRhizo também contém instrumentos para análise de cor. Nós temos usado WinRhizo para medir área da folha de plantas individuais ou percentagem de cobertura do solo por canópia das plantas. Neste caso, as imagens são adquiridas usando uma camara, e um objecto com dimensões conhecidas deve ser incluída em cada imagem para calibração correcta daquela imagem. O usuárion cria classes de cores que podem ser designadas a grupos, por exemplo o grupo "folhas" pode conter algumas sombras de verde, o grupo "solo" pode conter sombras de castanho e preto, e o gropo "lixo" pode conter sombras de castanho e amarelo. Os documentos do WinRhizo podem ajudar na aprendizagem deste processo.
Analises de cores similares podem ser feitas no Photoshop ou GIMP(Gnu Image Manipulation Program). Photoshop é o programa padão para manipulação de fotos, mas o GIMP tem a vantagem de ser de acesso livre.
