As raízes podem ser arrumadas para reduzir a sobreposção e cruzamento quando flutuarem na bandeja.
Antes da aquisição das imagens das raízes, as raízes podem ser tingidas (veja abaixo a lista de corantes que temos usado). O tingimento pode aumentar o contraste da imagem, que aumenta a a precisão da medição, e pode melhorar a determinação do diâmetro da raíz. Entretanto, esta é uma etapa adicional, que requer mais tempo e processamento das amostras. O tingimento pode ser problemático especialmente quando as plantas são muito pequenas e toda a raíz fôr analisada porque o tingimento poderá evitar futuras analises químicas do tecido. Nós recomendamos um teste preliminar onde a amostra é analisada antes e depois do tingimento para determinar se o tingimento é necessário ou não.
As raízes flutuam na água em bandejas 'acrylic trays' no scanner. Isto permite que as raízes sejam arrumadas de modo a reduzir a sobreposição e cruzamento de raízes. Como instrumentos, nós usamos plásticos 'forceps' e pipetas plásticas muito finas. Este é um trabalho delicado; mãos leves e estáveis ajudam.
