Nós descreveremos como rodar uma simulação com OpenSimRoot. Primeiro é importante saber como operar o OpenSimRoot. O input do OpenSimRoot é um arquivo .xml. Esse arquivo contém os parâmetros necessários para a simulação que você quer rodar. Isso inclui parâmetro como: a duração da simulação, os parâmetros ambientais, a estrutura inicial da raiz, as propriedades de diferentes tipos de raízes, etc. OpenSimRoot usa esses dados para rodar a simulação e então gerar os resultados que o usuário solicitou. Esse resultado pode consistir de variáveis agregadas, como comprimento radicular total, a quantidade de água/nitrogênio retirada do solo, mas o OpenSimRoot também pode liberar arquivos que, por exemplo, contêm a inteira estrutura radicular a cada dia. Isso pode ser visto por meio do ParaView. Como observação, é possível especificar uma estrutura radicular inteira (com o parâmetro tempo apropriado) no qual OpenSimRoot então crescerá. Isso pode ser usado para comparar os resultados simulados com um resultado real.

Primeiro escolhemos um diretório de saída. É extremamente recomendado que você faça diretórios separados para o OpenSimRoot, os arquivos .xml você usará como input e seu output (entrada e saída). Embora essa recomendação requeira caminhos de arquivos ligeiramente mais longos no terminal, seus arquivos estarão muito mais organizados. Por exemplo: no diretório raiz do OpenSimRoot, crie um diretório chamado: "SimRootOutpus", com um subdiretório chamado: OutputTest. No diretório raiz, crie um diretório chamado "SimRootData" onde você pode armazenar os arquivos .xml. Nesse exemplo, há um subdiretório chamado: "inputFiles" que contém o .xml que vamos rodar, runBean.xml. No OpenSimRoot/OpenSimRoot/tests há alguns arquivos .xml que também poderiam ser usados.

Agora use cd para mover para o diretório de output (saída), começando do diretório raiz - isso seria: cd SimRootOutputs/OutputTest. Agora comandaremos no OpenSimRoot para abrir o arquivo runBean.xml por meio de executar: ../../OpenSimRoot/OpenSimRoot/StaticBuild/OpenSimRoot -f, ../../SimRootData/InputFiles/runBean.xml

A primeira parte é o caminho para o executável OpenSimRoot. -ftells OpenSimRoot que nós queremos abrir um arquivo. A última parte é o caminho para o arquivo que nós queremos tomar como entrada (input).

Após a simulação estar completa, o diretório "outputTest" contém os arquivos (dependendo do que foi especificado) chamados tabled_output.tab, warnings.txt, alguns arquivos. vtu e alguns arquivos. pdv. O tabled_output.tab contém os valores das variáveis como retirada do nitrogênio, o peso da matéria seca da planta e o comprimento radicular total em cada dia. warnings.txt tem um significado óbvio. Os arquivos. vtu e .pvd contém o modelo radicular geométrico e pode ser visualizado com ParaView.

Para fazer isso, abra ParaView e abra VisualizationRoots.pvd, então clique "Apply" na janela "Properties" à esquerda. Você provavelmente não verá coisa alguma porque no tempo t=0 ainda não há estrutura radicular. Clique o botão "Play" no topo da barra e você verá a estrutura radicular conforme ela vai crescendo. Pelo default, a estrutura radicular está uniformemente colorida; portanto, isso somete nos mostra a topologia do sistema radicular. Para ver informações mais relevantes, na janela 'propries', sob o cabeçalho "Coloring", selecione algo a mais ao invés de "Solid Color" para ver a propriedade que você selecionou colorida. Pelo default, a opção "Color Space" (no "Color Map Editor" à direita) está configurada para "Diverging", eu prefiro RGB mas veja o que é melhor para você. Você pode escolher um mapeamento de coloração diferente e alterar a sensibilidade por meio de ajustar os círculos e curvas na seção "Mapping Data" à direita. Duplo clique em um círculo na parte inferior da barra para escolher uma cor diferente.